兽药残留是“兽药在动物源性食品中的残留”的简称，是指食品动物在使用兽药后蓄积或储存在细胞、组织或器官内，或进入泌乳动物的乳或产蛋家禽的蛋中的药物原形及其代谢物。
据公开数据，我国兽药残留种类主要是喹诺酮类，氯霉素、硝基呋喃、硝基咪唑等禁用药物占有较高比例;欧盟兽药残留种类则主要为抗菌药物，磺胺和喹诺酮的比例较高。
一、抗生素类：目前，在畜产品中容易造成残留量超标的抗生素主要有氯霉素、四环素、土霉素、金霉素等。
二、磺胺类：磺胺类药物主要通过输液、口服、创伤外用等用药方式或作为饲料添加剂而残留在动物源食品中，容易在猪、禽、牛等动物中发生。
三、激素和β-兴奋剂类：在养殖业中常见使用的激素和β-兴奋剂类主要有性激素类、皮质激素类和盐酸克仑特罗等。
许多研究已经表明盐酸克仑特罗、已烯雌酚等激素类药物在动物源食品中的残留超标可极大危害人类健康。其中，盐酸克仑特罗(瘦肉精)很容易在动物源食品中造成残留，健康人摄入盐酸克仑特罗超过20μg就有药效，5倍～10倍的摄入量则会导致中毒。中国不允许使用“瘦肉精”。
四、其他兽药：呋喃唑酮和硝呋烯腙常用于猪或鸡的饲料中来预防疾病，它们在动物源食品中应为零残留，即不得检出，是中国食品动物禁用兽药。苯并咪唑类能在机体各组织器官中蓄积，并在投药期，肉、蛋、奶中有较高残留。
为保障动物源食品安全，农业部历来十分重视休药期的管理。养殖过程必须规范使用兽药，严格遵守兽药休药期规定。